Programme de surveillance des antimicrobiens gonococciques (PSAG-Canada) : Échantillons cliniques:

Sur cette page

• Test d'amplification des acides nucléiques
• Partenaires provinciaux et territoriaux
• Méthodes
• Répartition de la séquence type moléculaire
• Prédiction du taux de résistance aux antimicrobiens
• Publications du LNM sur les TAAN

Tests d'amplification des acides nucléiques

Les tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) permettent de diagnostiquer environ 90 % des cas annuels de gonorrhée. Les taux d'incidence de la gonorrhée sont les plus élevés dans les régions nordiques et éloignées. Ces régions ont souvent de la difficulté à effectuer la surveillance de la RAM en raison des difficultés associées au transport de cultures viables de N. gonorrhoeae ou du fait que les régions ne disposent pas des ressources nécessaires pour mettre en culture la gonorrhée. Pour surmonter ces difficultés, le Laboratoire national de microbiologie (LNM) accepte les restes d'échantillons de TAAN. Le LNM effectue ensuite un typage par séquençage de plusieurs antigènes (NG-MAST)^{Note de bas de page 1} et une détection de polymorphisme mononucléotidique (SNP)^{Note de bas de page 2} afin de prédire la RAM pour les traitements des infections à gonorrhée.

Figure 1. Nombre de cas de gonorrhée diagnostiqués au Canada à partir de cultures et d'échantillons de TAAN

Partenaires provinciaux et territoriaux

Les politiques de mise en culture des infections suspectées de gonorrhée diffèrent d'une région à l'autre et le LNM reçoit les isolats et les données associées des provinces et territoires à leur discrétion. L'interprétation des résultats est limitée non seulement par le nombre de cultures testées, mais aussi par la source des cultures, car un biais peut être introduit en fonction du groupe à risque du client. Les provinces et les territoires qui disposent de peu ou pas de données de surveillance de la RAM à partir de cultures de N. gonorrhoeae peuvent envoyer au LNM des échantillons de N. gonorrhoeae soumis à un TAAN.

Nous proposons également cette option dans les régions où des cas de gonorrhée résistante au traitement ont été détectés. Les prédictions de RAM et le typage moléculaire sont utilisés pour surveiller la propagation des souches de gonorrhée résistant aux antimicrobiens.

Figure 2. Répartition des échantillons de N. gonorrhoeae soumis à un TAAN au LNM

Méthodologie

Le LNM utilise le NG-MAST sur les échantillons soumis à un TAAN pour identifier et caractériser les souches au sein de chaque communauté. Nous effectuons également des prédictions de la RAM pour :

• les céphalosporines (ceftriaxone et céfixime)
• l'azithromycine
• la ciprofloxacine

Nous effectuons des prédictions par la détection de polymorphisme mononucléotidique (SNP) par une série d'épreuves PCR (réaction en chaîne de la polymérase) en temps réel. Ces épreuves permettent de prévoir les plages de concentration inhibitrice minimale (CIM) pour chaque classe d'antimicrobiens. Les prédictions permettent de déterminer les options efficaces pour le traitement de la gonorrhée, et ce, pour chaque communauté.

Tableau 1. Catégories d'interprétation de la RAM à partir d'un échantillon soumis à un TAAN et plages de CIM

Agent antimicrobien	Catégorie d'interprétation	CIM prévues pour le TAAN
Céphalosporines	Résistancea	Ceftriaxone	Céfixime
		≥ 0,5 mg/L	≥ 1 mg/L
	Sensibilité réduiteb	0,125 - 0,5 mg/L	0,25 - 1 mg/L
	Sensibilité intermédiaire ou réduitec	0,032 - ≤ 0,125 mg/L	0,032 - ≤ 0,25 mg/L
		S. O.	0,032 - ≤ 0,25 mg/L
	Sensibilitéd	≤ 0,032 mg/L	≤ 0,032 mg/L
✔ Ciprofloxacine	Résistancee	≥ 1 mg/L
	Sensibilitéf	< 1 mg/L
Azithromycine	Résistanceg	≥ 1 mg/L
	Sensibilitéh	< 1 mg/L

Remarques du tableau 1:

On prévoit que les échantillons NAAT auront cette catégorie interprétative si :

Céphalosporines:

• A. Présence de penA A311V
• B. Détection de penA A501P et de deux autres SNP de ponA L421P, mtrR delA, porB G120/A121 ou N513Y/G543S
• C. Détection d'au moins trois SNP de ponA L421P, mtrR delA, porB G120/A121 ou penA A501/N513Y/G543S
• D. Aucun SNP de ponA L421P, mtrR delA, porB G120/A121 ou penA A501/N513Y/G543S

Ciprofloxacine:

• E. Détection d'un SNP de gyrA S91 ou parC D86/S87/S88
• F. Détection d'un SNP de gyrA S91 ou parC D86/S87/S88 sont détectés.

Azithromycine:

• G. Aucun SNP du promoteur mtrR ou de l'ARNr 23S A2059G/C2611T n'est détecté.
• H. Aucun SNP du promoteur mtrR ou de l'ARNr 23S A2059G/C2611T n'est détecté.

Figure 3. Répartition NG-MAST au Nord et à l'Est du Canada à partir d'échantillons soumis à un TAAN en année

Figure 4. Prédictions du taux de N. gonorrhoeae résistant aux antimicrobiens à partir d'échantillons soumis à un TAAN Total Est du Canada Nord du Canada

Notes

Les souches de N. gonorrhoeae ayant une CIM de ≥ 0,032 mg/L pour la ceftriaxone et/ou le céfixime sont considérées comme présentant une sensibilité réduite ou intermédiaire aux céphalosporines (Ceph-I-DS).

Les souches de N. gonorrhoeae ayant une CIM ≥1 mg/L sont considérées comme résistantes à la ciprofloxacine (Cip-R).

Les souches de N. gonorrhoeae ayant une CIM ≥1 mg/L sont considérées comme résistantes à l'azithromycine (Azi-R).

Publications récentes du LNM sur les TAAN

• Molecular surveillance and prediction of antimicrobial resistance of Neisseria gonorrhoeae in Northern Alberta, Canada, 2015-2018 (en anglais seulement)
• Molecular characterization and antimicrobial resistance in Neisseria gonorrhoeae in the Nunavut regions of Inuit Nunangat, Canada, 2018 to 2019 (en anglais seulement)
• Multiplex Real-time Polymerase Chain Reaction assays for the prediction of cephalosporins, ciprofloxacin, and azithromycin susceptibility of positive Neisseria gonorrhoeae Nucleic Acid Amplification Test samples (en anglais seulement)

Références