Tableau de bord sur la surveillance dans les eaux usées : Notes techniques

Ce tableau de bord fournit des données sur les concentrations des virus causant la COVID-19, la grippe, la mpox et le virus respiratoire syncytial (VRS) qui sont observées dans les eaux usées.

Cette page contient des renseignements sur la façon dont nous effectuons les analyses des eaux usées et les limites des données. Les notes comprennent également des définitions de certains termes scientifiques utilisés dans le présent tableau de bord.

Sur cette page

Méthodologie

Des scientifiques de partout au pays fournissent des données sur la surveillance des eaux usées par l’entremise de leurs réseaux provinciaux et territoriaux. Pour détecter les virus au niveau communautaire ou institutionnel, des échantillons sont recueillis à un point de collecte central, comme une usine de traitement des eaux usées ou un poste de pompage. Cette méthode rend uniquement compte de la présence des virus dans la collectivité ou dans l’établissement. Elle ne peut pas servir à identifier des cas ou des ménages individuels.

Les scientifiques continuent d’améliorer les méthodes de détection et de mesure des virus causant la COVID-19, la grippe, la mpox et le VRS dans les eaux usées. La communauté scientifique, y compris l’Agence de la santé publique du Canada, collabore pour élaborer une norme qui aidera tout le monde à comprendre, à comparer et à partager les données sur les virus respiratoires et le virus de la mpox dans les eaux usées. Les résultats présentés sur cette page ont été obtenus par tests PCR et par séquençage génomique.

Les scientifiques utilisent le séquençage génomique pour déchiffrer les différents fragments génétiques du virus trouvés dans les échantillons d’eaux usées. Une fois la réaction de séquençage terminée, ils analysent les éléments séquencés à l’aide d’un logiciel spécial. Ces programmes fournissent des renseignements sur les variants et la quantité relative de chaque variant détecté dans un échantillon d’eaux usées.

Nous avons comparé les tendances des signaux dans les eaux usées lorsque les mêmes sites sont analysés par le Laboratoire national de microbiologie et les réseaux provinciaux et territoriaux. Nous avons constaté que les tendances sont généralement cohérentes entre les laboratoires. Les différences dans la force des signaux dans les eaux usées sont principalement attribuables aux différences dans les méthodes de traitement.

Nous présentons la charge virale des virus de la COVID-19, de la grippe et du VRS dans les eaux usées à l’aide d’une moyenne mobile sur 7 jours pondérée selon la population, car des niveaux élevés pour une seule journée ne montrent pas la tendance générale. Notre approche nous aide à comprendre les tendances globales tout en vous donnant de meilleurs renseignements pour prendre vos propres décisions en matière de santé. De façon générale, nous effectuons des analyses pour les sites 2 fois par semaine, à l’exception des sites d’Alberton et de Winnipeg où nous effectuons des analyses 1 et 5 fois par semaine, respectivement.

Façon dont nous calculons le signal EpiWeek pour les virus respiratoires

Nous calculons le signal EpiWeek en faisant la moyenne de tous les signaux dans les eaux usées obtenus au cours d’une semaine épidémiologique (EpiWeek) donnée. Les signaux dans les eaux usées de tous les sites d’échantillonnage d’une région sont regroupés dans la même semaine épidémiologique, car ces sites peuvent suivre des calendriers d’échantillonnage différents.

À mesure que de nouvelles données sont disponibles, nous pourrions mettre à jour les signaux de la dernière semaine épidémiologique déclarée.

Façon dont nous déterminons l’indice du niveau d’activité virale pour les virus respiratoires

Pour mieux contextualiser les signaux relatifs à la COVID-19, à la grippe et au VRS, nous avons mis au point un indice du niveau d’activité virale. Cet indice se fonde à la fois sur le niveau du signal et sur les tendances relatives au signal. Il faut disposer de données couvrant une période d’au moins 12 mois, à l’exclusion des cas de non-détection, pour calculer le niveau du signal et les tendances relatives au signal.

Représentation visuelle de l'activité virale par niveau du signal et les tendances du signal. Voir ci-dessous pour les définitions complètes.
  • Une activité virale élevée signifie que les signaux viraux sont :
    • élevés par rapport aux valeurs de la dernière année
    • modérés par rapport aux valeurs de la dernière année, mais la tendance récente est à la hausse
  • Une activité virale modérée signifie que les signaux viraux sont :
    • modérés par rapport aux valeurs de la dernière année, et la tendance récente est à la baisse ou stable
    • faibles par rapport aux valeurs de la dernière année, mais la tendance récente est à la hausse
  • Une activité virale faible signifie que les signaux viraux sont :
    • faibles par rapport aux valeurs de la dernière année, et la tendance récente est à la baisse ou stable
    • inférieurs au seuil de détection, mais la tendance récente est à la hausse
  • Un niveau d’activité indétectable signifie que les signaux viraux sont :
    • inférieurs au seuil de détection, et la tendance récente est stable ou en diminution 

Calcul du niveau du signal

Le niveau du signal décrit les plus récentes charges virales observées pour la COVID-19, la grippe et le VRS par rapport aux valeurs de la dernière année. Pour chaque lieu d’échantillonnage, nous utilisons les charges virales de tous les échantillons prélevés au cours de l’année précédant la période d’échantillonnage la plus récente pour :

  • calculer les 25e et 75e percentiles
  • établir des valeurs seuils inférieures et supérieures

Les valeurs situées en dessous du 25e percentile sont considérées comme faibles et les valeurs situées au-dessus du 75e percentile sont considérées comme élevées. Les autres valeurs sont jugées modérées. Les sites sont qualifiés de nouveaux lorsqu’on ne dispose que de données couvrant une période inférieure à 12 mois, outre les cas de non-détection.

Calcul des tendances relatives au signal

Nous surveillons la hausse et la baisse des signaux relatifs à la COVID-19, à la grippe et au VRS au moyen d’une technique mise au point par le gouvernement de l’Ontario. Les données sur la surveillance des eaux usées présentées sous forme de moyenne sur 7 jours sont divisées en segments au fil du temps. La variation quotidienne du signal viral est déterminée pour chaque segment. Les hausses et les baisses du signal dans les eaux usées sont jugées en fonction de leur uniformité au fil du temps.

Pour en savoir plus, veuillez consulter :

La mesure de tendance du signal décrit l’évolution des charges virales dans les eaux usées au cours des 5 semaines précédentes.

  • « En augmentation » correspond à une hausse statistiquement significative du signal dans les eaux usées.
  • « Stable » désigne une absence de variation du signal ou une diminution non significative du signal dans les eaux usées.
  • « En diminution » correspond à une baisse statistiquement significative du signal dans les eaux usées.

Détection et analyse de la mpox

Le virus de la mpox se trouve dans les eaux usées en très petites quantités de 10 à 100 fois inférieures aux virus respiratoires. Par conséquent, une mesure unique du virus dans les eaux usées présente une grande incertitude. C’est pourquoi nous interprétons les signaux sur plusieurs semaines épidémiologiques afin de réduire cette incertitude.

Le Laboratoire national de microbiologie contrôle la présence et l’abondance du virus de la mpox dans les eaux usées au moyen de 2 analyses de laboratoire indépendantes. Un test général de dépistage de la mpox permet de déceler la présence de tous les clades du virus de la mpox : pour chaque échantillon, 6 répétitions sont analysés au moyen de 2 tests distincts. Notre carte et notre tableau de bord reflètent les analyses générales de dépistage de la mpox qui ont été effectuées ainsi que les signaux, mais n’établissent aucune distinction entre les clades. De plus, pour chaque échantillon, 9 répétitions sont analysés à l’aide du test de détection propre au clade I. Une détection confirmée du clade I sera communiquée sous forme de texte sur la page principale des résultats du tableau de bord.

La détection du virus de la mpox dans les eaux usées est classée de la manière suivante :

  • Détection constante : Indique que le virus causant la mpox a été détecté dans les eaux usées pendant plus de 2 semaines au cours des 4 dernières semaines.
  • Détection intermittente : Indique que le virus causant la mpox a été détecté pendant 2 semaines au cours des 4 dernières semaines.
  • Aucune détection : Indique que le virus causant la mpox n’a pas été détecté ou n’a été détecté que pendant 1 semaine au cours des 4 dernières semaines.
  • Pas de données récentes : Indique la collecte d’une quantité de données correspondant à moins de 2 semaines pour l’évaluation de la présence du virus causant la mpox dans les eaux usées au cours des 4 dernières semaines. C’est habituellement le résultat de retards dans la réception d’échantillons.

Façon dont nous effectuons l’agrégation géographique des données pour les virus respiratoires

Calcul de la charge virale

L’agrégation géographique à l’échelle de la ville, de la province, du territoire ou du pays correspond à la moyenne de tous les sites d’échantillonnage dans cette région respective. La moyenne est ajustée en fonction de la population couverte. Cela signifie que les sites d’échantillonnage où les populations sont plus élevées ont une plus grande incidence sur la valeur globale obtenue. Plus la population couverte est grande, plus le signal dans les eaux usées est représentatif du fardeau global de la maladie dans la collectivité. Une plus grande population couverte augmente également la probabilité de détecter des éclosions locales. Lorsque les sites sont associés à une faible couverture de la population, c’est-à-dire moins de 25 % de la population, une mention le précise sous les graphiques.

Dans chaque graphique, la zone gris pâle montre les signaux minimaux et maximaux obtenus depuis le début de la période de surveillance, au cours de chaque semaine épidémiologique. Les agrégats géographiques de la charge virale sont signalés seulement lorsque les données sont disponibles pour au moins la moitié de la population déclarée. Au niveau national, nous signalons uniquement les données agrégées lorsqu’elles sont disponibles pour au moins 75 % de la population déclarée.

Calcul de l’indice du niveau d’activité

Le niveau d’activité des sites d’échantillonnage est assigné une valeur numérique pour le calcul de la moyenne :

  • Élevée = 3
  • Modérée = 2
  • Faible = 1
  • Indétectable = 0

L’agrégation géographique du niveau d’activité à l’échelle de la ville, de la province, du territoire ou du pays est le niveau d’activité moyen de tous les sites d’échantillonnage dans la région respective. La moyenne pondérée en fonction de la population est assignée un niveau d’activité selon les critères suivants :

  • 0 = Indétectable
  • 0 à 1,5 = Faible
  • 1,5 à 2,5 = Modérée
  • 2,5 à 3 = Élevée

Détection et analyse de la mpox

Le virus de la mpox se trouve dans les eaux usées en très petites quantités, de 10 à 100 fois inférieures aux virus respiratoires. Par conséquent, une mesure unique du virus dans les eaux usées présente une grande incertitude. Ainsi, nous interprétons les signaux sur plusieurs semaines épidémiologiques afin de réduire cette incertitude.

Le Laboratoire national de microbiologie contrôle la présence et l’abondance du virus de la mpox dans les eaux usées au moyen de 2 analyses de laboratoire indépendantes. Un test général de dépistage de la mpox permet de déceler la présence de tous les clades du virus de la mpox : pour chaque échantillon, 6 répétitions sont analysées au moyen de 2 tests distincts. Notre carte et notre tableau de bord reflètent les analyses générales de dépistage de la mpox qui ont été effectuées ainsi que les signaux, mais n’établissent aucune distinction entre les clades. De plus, pour chaque échantillon, 9 répétitions sont analysées à l’aide du test de détection propre au clade I. Une détection confirmée du clade I sera communiquée sous forme de texte sur la page principale des résultats du tableau de bord.

La détection du virus de la mpox dans les eaux usées est classée de la manière suivante :

  • Détection constante : Indique que le virus causant la mpox a été détecté dans les eaux usées pendant plus de 2 semaines au cours des 4 dernières semaines.
  • Détection intermittente : Indique que le virus causant la mpox a été détecté pendant 2 semaines au cours des 4 dernières semaines.
  • Aucune détection : Indique que le virus causant la mpox n’a pas été détecté ou n’a été détecté que pendant 1 semaine au cours des 4 dernières semaines.
  • Pas de données récentes : Indique la collecte d’une quantité de données correspondant à moins de 2 semaines pour l’évaluation de la présence du virus causant la mpox dans les eaux usées au cours des 4 dernières semaines. Cela s’explique habituellement par des retards dans la réception d’échantillons.

Limites

Bien que la surveillance des eaux usées offre de nombreux avantages, elle comporte certaines limites.

L’exactitude du signal dans les eaux usées peut être faussée par différents facteurs, dont la composition des eaux usées, qui varie selon la collectivité. Par exemple, les eaux souterraines ou de surface peuvent renforcer ou affaiblir le signal de la COVID-19 dans les eaux usées. Cela peut être un problème pendant la fonte des neiges saisonnière et les pluies abondantes.

Le signal dans les eaux usées peut également être influencé par :

Nous travaillons avec nos partenaires pour cerner d’autres problèmes liés à la surveillance des eaux usées et pour élaborer des mesures visant à réduire les effets.

Compte tenu des limites précédentes, nous ne connaissons pas la quantité exacte de virus qui est excrétée par vague. Pour cette raison, nous ne recommandons pas de comparer les données sur la surveillance des eaux usées de différentes vagues pour estimer le nombre de cas de maladies respiratoires virales dans une collectivité.

Définitions

Pour en savoir plus sur la surveillance des eaux usées, veuillez consulter la page :

Changement aux données

Date Remarques
2023-05-02 Nous avons retiré temporairement Saint John du tableau de bord en raison de problèmes éventuels qui concernent l’exactitude des données. Une fois que nous aurons étudié et résolu les problèmes, Saint John sera réintégré au tableau de bord.
2023-05-12 En janvier 2023, le Laboratoire national de microbiologie (LNM) a mis à jour son protocole pour inclure la quantification des échantillons de référence standard afin d’améliorer l’exactitude. Cette modification a une incidence sur les points de données entre le 6 juillet 2022 et le 3 février 2023. Les points de données ont été mis à jour rétroactivement afin qu’ils reflètent cette modification. Le protocole de quantification des eaux usées mis à jour par le LNM comprend une confirmation de la concentration des échantillons de référence standard au moyen de la PCR numérique.
2023-09-08 Saint John, Nouveau-Brunswick, a été réintégré dans le tableau de bord avec des données provenant du laboratoire universitaire Georges-L.-Dumont.
2023-12-15 Les données de surveillance pour Bathurst, Campbellton, Fredericton, Miramichi et Moncton ont été remplacées par des données provenant du Réseau de santé Vitalité au Nouveau-Brunswick. Les données historiques analysées par le Laboratoire national de microbiologie peuvent être téléchargées.
2023-12-15 Les données historiques pour Edmundston et Saint John ont été mises à jour avec une nouvelle méthode de quantification afin de mieux représenter le processus de laboratoire.
2024-02-23 Les mises à jour pour les sites suivants en Saskatchewan sont en attente en raison d'une pause dans l'envoi d'échantillons à l'ASPC :
  • Canora
  • Première Nation de Pasqua
  • Prince Albert
  • Watrous
2024-07-02 L'inclusion des données de l'Île-du-Prince-Édouard est actuellement en pause. Après approbation, les données de l'Île-du-Prince-Édouard seront réintégrées au tableau de bord.
2024-07-19 Les données de l’Île-du-Prince-Édouard ont été réintégrées dans le tableau de bord à la suite d’un examen provincial.
2024-08-20 L’inclusion des nouvelles données du Nouveau-Brunswick est actuellement en pause, pendant qu’un examen de la qualité des données est effectué par le LNM.
2024-09-06 Les données du site de traitement des eaux usées de Toronto Nord pour la semaine épidémiologique 34 ont été retirées des mises à jour hebdomadaires. Les données de cette semaine étaient inhabituelles et sont peu susceptibles d'être liées à un événement épidémiologique, mais nous poursuivons l'étude de ce signal.
2024-09-20 Les données du Nouveau-Brunswick ont été réintégrées dans le tableau de bord à la suite de l’examen de la qualité.
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