Tableau de bord sur la vigie des virus respiratoires dans les eaux usées : Notes techniques

Cette page contient des renseignements sur la façon dont nous effectuons les analyses des eaux usées et les limites des données. Les notes comprennent également des définitions de certains termes scientifiques utilisés dans le présent tableau de bord.

Sur cette page

• Méthodologie
• Limites
• Définitions
• Changements aux données

Méthodologie

Des scientifiques dans tout le pays fournissent des données sur la vigie des eaux usées par l’entremise de leurs réseaux provinciaux et territoriaux. Pour détecter les virus respiratoires au niveau communautaire ou institutionnel, des échantillons sont recueillis à un point de collecte central, comme une usine de traitement des eaux usées ou un poste de pompage. Cette méthode rend uniquement compte de la présence des virus respiratoires dans la collectivité ou dans l’établissement. Elle ne peut pas servir à identifier des cas ou des ménages individuels.

Les scientifiques continuent d’améliorer les méthodes de détection et de mesure du SRAS-CoV-2 (COVID-19), du virus de la grippe et du VRS dans les eaux usées. La communauté scientifique, y compris l’Agence de la santé publique du Canada, collabore pour élaborer une norme qui aidera tout le monde à comprendre, à comparer et à partager les données sur les virus respiratoires dans les eaux usées. Les résultats présentés sur cette page ont été obtenus par tests PCR et séquençage génomique.

Les scientifiques utilisent le séquençage génomique pour déchiffrer les différents fragments génétiques du virus trouvés dans les échantillons d’eaux usées. Une fois la réaction de séquençage terminée, ils analysent les éléments séquencés à l’aide d’un logiciel spécial. Ces programmes fournissent des renseignements sur les variants et la quantité relative de chaque variant détecté dans un échantillon d’eaux usées.

Nous avons comparé les tendances des signaux des eaux usées lorsque les mêmes sites sont analysés par le Laboratoire national de microbiologie et les réseaux provinciaux et territoriaux. Nous avons constaté que les tendances sont généralement cohérentes dans tous les laboratoires. Les différences dans la force des signaux des eaux usées sont principalement attribuables aux différences dans les méthodes de traitement.

Nous présentons la charge virale du SRAS-CoV-2 (COVID-19), du virus de la grippe et du VRS dans les eaux usées à l’aide d’une moyenne mobile sur 7 jours pondérée selon la population, car des niveaux élevés pour une seule journée ne montrent pas la tendance générale. Notre approche nous aide à comprendre les tendances globales tout en vous donnant de meilleurs renseignements pour prendre vos propres décisions en matière de santé. De façon générale, nous effectuons des analyses pour les sites 2 fois par semaine, à l’exception des sites d’Alberton et de Winnipeg où effectuons des analyses 1 et 5 fois par semaine, respectivement.

Calcul du signal EpiWeek

Le signal EpiWeek est calculé en faisant la moyenne de tous les signaux des eaux usées obtenus au cours d’une semaine épidémiologique (EpiWeek) donnée. Les signaux des eaux usées de tous les sites d’échantillonnage d’une région sont regroupés dans la même semaine épidémiologique, car ces sites peuvent suivre des calendriers d’échantillonnage différents.

Agrégation géographique des données

L’agrégation géographique à l’échelle de la ville ou de la province correspond à la moyenne de tous les sites d’échantillonnage de la ville ou de la province, ajustée en fonction de la population couverte. Les sites d’échantillonnage qui couvrent une plus grande population ont une plus grande incidence sur la valeur globale obtenue pour la ville ou la province. Plus la population couverte est grande, plus le signal des eaux usées est représentatif du fardeau global de la maladie dans la collectivité et plus la probabilité de détecter des éclosions locales est élevée. Lorsqu’un site est associé à une faible couverture de la population, c.-à-d. moins de 25 % de la population, une mention est ajoutée sous le graphique concerné pour le préciser.

Sur chaque graphique, la zone gris pâle montre les signaux minimaux et maximaux obtenus depuis le début de la période de surveillance, au cours de chaque semaine épidémiologique, en fonction des données disponibles.

Détermination du niveau d’activité virale

Pour mieux contextualiser les signaux relatifs à la COVID-19, à la grippe et au VRS, nous avons mis au point une mesure du niveau d’activité virale. Cette mesure se fonde à la fois sur le niveau du signal et sur les tendances relatives au signal. Il faut disposer de données couvrant une période d’au moins douze mois, outre les cas de non-détection, pour calculer le niveau du signal et les tendances relatives au signal.

• L’activité virale est qualifiée d’élevée en présence de l’un ou l’autre des critères suivants :
  • les signaux viraux sont élevés par rapport aux valeurs de la dernière année
  • les signaux viraux sont modérés par rapport aux valeurs de la dernière année, mais la tendance récente est à la hausse
• L’activité virale est qualifiée de modérée en présence de l’un ou l’autre des critères suivants :
  • les signaux viraux sont modérés par rapport aux valeurs de la dernière année, et la tendance récente est à la baisse ou stable
  • les signaux viraux sont faibles par rapport aux valeurs de la dernière année, mais la tendance récente est à la hausse
• L’activité virale est qualifiée de faible en présence de l’un ou l’autre des critères suivants :
  • les signaux viraux sont faibles par rapport aux valeurs de la dernière année, et la tendance récente est à la baisse ou stable
  • les signaux viraux sont inférieurs au seuil de détection, mais la tendance récente est à la hausse
• Un niveau d’activité indétectable signifie que :
  • les signaux viraux sont inférieurs au seuil de détection et la tendance récente est stable ou en diminution

Calcul du niveau du signal

Le niveau du signal décrit les plus récentes charges virales observées pour la COVID-19, la grippe et le VRS par rapport aux valeurs de la dernière année. Pour chaque lieu d’échantillonnage, nous utilisons les charges virales de tous les échantillons prélevés au cours de l’année précédant la période d’échantillonnage la plus récente pour :

• calculer les 25e et 75e percentiles
• établir des valeurs seuils inférieures et supérieures

Les valeurs situées en dessous du 25e percentile sont considérées comme faibles et les valeurs situées au-dessus du 75e percentile sont considérées comme élevées. Les autres valeurs sont jugées modérées. Les sites sont qualifiés de nouveaux lorsqu’on ne dispose que de données couvrant une période inférieure à douze mois, outre les cas de non-détection.

Calcul des tendances relatives au signal

Nous surveillons la hausse et la baisse des signaux relatifs à la COVID-19, à la grippe et au VRS au moyen d’une technique mise au point par le gouvernement de l’Ontario. Les données sur la vigie des eaux usées présentées sous forme de moyenne sur 7 jours sont divisées en segments au fil du temps. La variation quotidienne du signal viral est déterminée pour chaque segment. Les hausses et les baisses du signal des eaux usées sont jugées en fonction de leur uniformité au fil du temps.

Pour en savoir plus à ce sujet, veuillez consulter l’article suivant :

• Quantitative Trend Analysis of SARS-CoV-2 RNA in Municipal Wastewater Exemplified with Sewershed-Specific COVID-19 Clinical Case Counts (analyse quantitative des tendances de l’ARN du SRASCoV2 dans les eaux usées municipales qui montre le nombre de cas cliniques de COVID-19 pour chaque bassin d’eaux usées) (en anglais seulement)

La mesure de tendance du signal décrit l’évolution des charges virales dans les eaux usées au cours des 5 semaines précédentes.

• « En augmentation » correspond à une hausse statistiquement significative du signal dans les eaux usées.
• « Stable » désigne une absence de variation du signal ou une diminution non significative du signal dans les eaux usées.
• « En diminution » correspond à une baisse statistiquement significative du signal dans les eaux usées.

Limites

Bien que la vigie des eaux usées offre de nombreux avantages, elle comporte certaines limites.

L’exactitude du signal des eaux usées peut être faussée par différents facteurs, dont la composition des eaux usées, qui varie selon la collectivité. Par exemple, les eaux souterraines ou de surface peuvent renforcer ou affaiblir le signal de la COVID-19 dans les eaux usées. Cela peut être un problème pendant la fonte des neiges saisonnière et les pluies abondantes.

Le signal des eaux usées peut également être influencé par :

• l’écoulement industriel dans le réseau d’égout
• le sable et le sel sur les routes en hiver
• la température du système de collecte
• la méthode utilisée pour prélever l’échantillon
• la diversité des variants dans un échantillon
• la présence de mutations similaires dans différents variants
• les changements observés sur le plan des précipitations, y compris la fonte des neiges

Nous travaillons avec nos partenaires pour cerner d’autres problèmes liés à la vigie des eaux usées et pour élaborer des mesures visant à réduire les effets.

Compte tenu des limites précédentes, nous ne connaissons pas la quantité exacte de virus qui est excrétée par vague. Pour cette raison, nous ne recommandons pas de comparer les données sur la vigie des eaux usées de différentes vagues pour estimer le nombre de cas de maladies respiratoires virales dans une collectivité.

Définitions

• La moyenne sur 7 jours est générée en faisant la moyenne des niveaux d’un jour donné avec les six jours précédents. La moyenne est appelée « mobile », car elle change chaque jour.
• Le nombre de copies par ml correspond au nombre de copies de l’ARN cible trouvé dans un millilitre (ml) d’eaux d’égout brutes par l’installation de traitement des eaux usées en question.
• La charge virale est la quantité de matériel génétique du SRAS-CoV-2, du virus de l’influenza ou du VRS présent dans un échantillon d’eaux usées. Elle est présentée dans le tableau de bord sous forme de copies du matériel génétique du SRAS-CoV-2, du virus de l’influenza ou du VRS par millilitre (ml) d’eaux usées.
• Le signal des eaux usées est une mesure du niveau du virus dans les eaux usées qui permet de déterminer le nombre croissant, stable ou décroissant de particules virales dans les eaux usées.
• Le 25^e percentile est aussi appelé le premier quartile : 25 % des données sont inférieures à ce niveau.
• Le 75^e percentile est aussi appelé le troisième quartile : 75 % des données sont inférieures à ce niveau.
• La non-détection survient lorsque le seuil de détection du virus respiratoire n’est pas atteint lors de l’analyse de l’échantillon d’eaux usées.
• La semaine épidémiologique (EpiWeek) est une méthode de dénombrement des semaines qui permet de comparer les données d’une année à l’autre. Pour la semaine épidémiologique figurant sur l’axe x des graphiques, nous avons utilisé le dimanche comme premier jour de la semaine.

Pour en savoir plus sur la vigie des eaux usées, veuillez consulter la page :

Tirer parti de l’analyse des eaux usées pour la détection d’éclosions de COVID-19

Changement aux données