Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) : Résistance aux antimicrobiens

Le PICRA recueille, analyse et communique les tendances de l’utilisation des antimicrobiens et de la résistance aux antimicrobiens pour certaines bactéries provenant des humains, des animaux et de la viande vendue au détail à travers le Canada.

  • Dernière mise à jour : 2025-12-15

Concernant la surveillance de la RAM, le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) surveille et signale les tendances de la RAM au Canada chez certaines bactéries entériques et zoonotiques provenant de personnes, d’animaux terrestres, et de sources alimentaires et hydriques. Le PICRA est lié au Réseau aliments Canada (RAC) sur le plan opérationnel. RAC est un réseau intégré de surveillance des sites sentinelles pour les maladies entériques au Canada. RAC fournit des données sur la RAM pour l’eau de surface, certains aliments vendus au détail et pour Campylobacter provenant de personnes.

Les visualisations de données interactives sont mises à jour régulièrement et peuvent donc différer des rapports du PICRA déjà publiés. Les données relatives au diagnostic de Salmonella chez les animaux malades seront disponibles en 2026.

La pandémie de COVID-19 a entraîné plusieurs interruptions des activités de surveillance du PICRA et du RAC entre 2020 et 2022. Pour plus de renseignements, veuillez vous référer aux détails importants concernant les données, ajoutés sous chaque figure.

Définitions et descriptions des variables
Atlantique La région de l’Atlantique peut comprendre une ou plusieurs des provinces suivantes : le Nouveau-Brunswick, Terre-Neuve-et-Labrador, la Nouvelle-Écosse et l’Île-du-Prince-Édouard.
Prairies La région des Prairies peut comprendre une ou plusieurs des provinces suivantes : l’Alberta, le Manitoba et la Saskatchewan.
Sites sentinelles du RAC Les 4 sites sentinelles du RAC se trouvent en Ontario (Bureau de santé de Middlesex-London), en Colombie-Britannique (Fraser Health), en Alberta (Alberta Health Services : Calgary et régions centrales) et au Québec (Région sociosanitaire de la Montérégie). Le site sentinelle du Québec a été mis en œuvre en juillet 2019. En 2022, les limites du site de l’Alberta ont changé.
Ferme Les résultats indiqués pour les poulets de chair, les poules pondeuses, les dindons, les porcs en croissance-finition (porcs en CF) et les bovins en parc d’engraissement (bovins en PE) ont été obtenus à partir d’échantillons fécaux regroupés. Les résultats présentés pour les bovins laitiers à la ferme sont issus des échantillons composites de fumier prélevés sur des veaux avant le sevrage, des génisses après le sevrage et des bovins laitiers en lactation, ainsi que dans la fosse à fumier. Les échantillons provenaient des animaux sains à la ferme. Les données de la ferme ne sont pas ajustées pour tenir compte du regroupement de plusieurs isolats provenant de la même ferme.
Abattoir Les résultats indiqués pour l’abattoir ont été obtenus à partir d’échantillons cæcaux. Les échantillons provenaient d’animaux en santé. Les résultats relatifs à l’abattoir sont présentés à l’échelle nationale, en raison de la conception du cadre d’échantillonnage, qui est de portée nationale et fondée sur le volume d’abattage canadien. Concernant les bovins provenant de l’abattoir, les tests de dépistage de Salmonella ont été interrompus en 2003 en raison d’un faible taux de détection.
Eau de surface Les résultats présentés pour l’eau ont été obtenus à partir d’échantillonnages prélevés activement par le RAC sur le territoire des divers sites sentinelles. L’échantillonnage peut inclure de l’eau d’irrigation, des plans d’eau à des fins récréatives ou de l’eau de surface provenant de rivières. Les méthodes d’échantillonnage varient : prélèvement à la surface de l’eau à l’aide d’une perche, prélèvement en entrant dans l’eau, ou prélèvement à partir d’un robinet d’eau brute.

Sur cette page

  • Résistance aux antimicrobiens
  • Sous-types et détection bactérienne
  • Critères d’interprétation
Résistance aux antimicrobiens télécharger les données

Les visualisations de données interactives sur la RAM du PICRA comprennent :

Figure 1. PICRA-RAC : Fréquence de la résistance aux antimicrobiens dans les isolats de par espèce hôte ou type d’échantillon environnemental.

Pointez le curseur sur le graphique linéaire pour voir plus de détails. Cliquez sur un élément de la légende pour ajouter ou enlever les lignes correspondantes du graphique. Le texte en rouge dans la zone survolée met en évidence un petit nombre total d’isolats (moins de 20).

Détails importants concernant les données (les détails changent en fonction des filtres sélectionnés)
  • Veuillez noter le changement d’échelle de l’axe des y lorsque différentes séries de données sont sélectionnées.
  • Les proportions doivent être interprétées avec prudence lorsque le nombre d'isolats est restreint (quand le texte est en rouge dans la zone survolée).
  • Les lignes pleines reliant les éléments de données indiquent que les données proviennent d’une analyse phénotypique, tandis que les lignes pointillées reliant les éléments de données indiquent que les données proviennent d’une analyse génotypique prédisant le phénotype.
  • Certains sous-types moins communs présentent des interruptions dans le graphique linéaire pour les années où le sous-type n’a pas été détecté.
  • Selon l'année de surveillance, les isolats d'E. coli et de Salmonella ont été testés pour leur sensibilité à 14, 15 ou 16 antimicrobiens et les isolats de Campylobacter ont été testés pour leur sensibilité à 8 ou 9 antimicrobiens (les détails sont disponibles dans l'onglet des critères d'interprétation).
  • Les valeurs seuils utilisées pour l'interprétation des résultats de concentration minimale inhibitrice (CMI) des tests de sensibilité aux antimicrobiens effectués sur des isolats bactériens, sont disponibles dans l’onglet des critères d’interprétation. En ce qui concerne le filtre « résistance à » pour tous les antimicrobiens, les isolats sont classés comme « résistants » lorsque les CMI correspondent à des valeurs de résistance. Cependant, une exception s’applique à la ciprofloxacine pour Salmonella et E. coli puisque ces isolats sont classés comme « aucunement sensibles » lorsque les CMI correspondent à des valeurs de résistance ou des valeurs intermédiaires afin de s’aligner sur la prédiction de la RAM à partir des données de séquençage du génome entier.

Tableau 1. PICRA-RAC : Fréquence de la résistance aux dans les isolats de par au Canada (Total de résistants / Total d'isolats)..

L'astérisque (*) met en évidence un petit nombre total d’isolats (moins de 20).

Figure 1 : Texte descriptif

Figure 2. PICRA-RAC : Fréquence des mesures de multirésistance aux médicaments (MMRM) dans les isolats de .

Pointez le curseur sur le graphique linéaire pour voir plus de détails. Cliquez sur un élément de la légende pour ajouter ou enlever les lignes correspondantes du graphique. Le texte en rouge dans la zone survolée met en évidence un petit nombre total d’isolats (moins de 20).

Détails importants concernant les données (les détails changent en fonction des filtres sélectionnés)
  • Selon l’année de surveillance, les isolats d’E. coli et de Salmonella ont été testés pour leur sensibilité à 6, 7 ou 8 classes d'antimicrobiens et les isolats de Campylobacter ont été testés pour leur sensibilité à 6 ou 7 classes d'antimicrobiens (les détails sont disponibles dans l'onglet des critères d'interprétation).
  • Entièrement sensible : Le PICRA utilise à la fois des analyses phénotypiques et génotypiques sur les isolats. Pour les analyses phénotypiques, « entièrement sensible » signifie qu’aucune résistance n’a été observée pour aucun des antimicrobiens testés. Pour les analyses génotypiques, « entièrement sensible » signifie qu’aucun gène de résistance aux antimicrobiens connu ou aucune mutation validée pour la prédiction de la résistance aux antimicrobiens n’a été détecté.
  • Mesures de multirésistance aux médicaments (MMRM) : Par exemple, « résistant à 3 classes ou plus » signifie que les isolats étaient résistants à 3, 4, 5 et ce, jusqu’au nombre maximum de classes d’antimicrobiens testées. Les autres MMRM, à l'exception des isolats entièrement sensibles (définition ci-dessus), suivent le même schéma.
  • Veuillez noter le changement d’échelle de l’axe des y lorsque différentes séries de données sont sélectionnées.
  • Les proportions doivent être interprétées avec prudence lorsque le nombre d'isolats est restreint (quand le texte est en rouge dans la zone survolée).
  • Les lignes pleines reliant les éléments de données indiquent que les données proviennent d’une analyse phénotypique, tandis que les lignes pointillées reliant les éléments de données indiquent que les données proviennent d’une analyse génotypique prédisant le phénotype.
  • Certains sous-types moins communs présentent des interruptions dans le graphique linéaire pour les années où le sous-type n’a pas été détecté.

Tableau 2. PICRA-RAC : Fréquence des mesures de multirésistance aux médicaments (MMRM) dans les isolats de par au Canada (Total MMRM / Total d'isolats).

L'astérisque (*) met en évidence un petit nombre total d’isolats (moins de 20).

Figure 2 : Texte descriptif
Sous-types et détection bactérienne télécharger les données

Les visualisations interactives de données sur les sous-types et la détection bactérienne du PICRA comprennent :

Figure 1. PICRA-RAC : Fréquence des sous-types de Campylobacter et de Salmonella.

Survoler les sections du graphique à barres pour obtenir plus de détails. Cliquez sur un élément de la légende pour ajouter ou supprimer les sections correspondantes du graphique. Le texte en rouge dans la zone survolée met en évidence un petit nombre total d’isolats (moins de 20).

Détails importants concernant les données (les détails changent en fonction des filtres sélectionnés)
  • Les proportions doivent être interprétées avec prudence lorsque le nombre d'isolats est restreint (quand le texte est en rouge dans la zone survolée).

Tableau 1. PICRA-RAC : Fréquence des sous-types de par au Canada (Total du sous-type / Total d'isolats).

L'astérisque (*) met en évidence un petit nombre total d’isolats (moins de 20).

Figure 1 : Texte descriptif

Figure 2. PICRA-RAC : Fréquence de détection de Campylobacter, Escherichia coli et de Salmonella non typhiques.

Pointez le curseur sur le graphique linéaire pour voir plus de détails. Cliquez sur un élément de la légende pour ajouter ou enlever les lignes correspondantes du graphique. Le texte en rouge dans la zone survolée met en évidence un petit nombre total d’échantillons testés (moins de 20).

Détails importants concernant les données (les détails changent en fonction des filtres sélectionnés)
  • Seules les composantes de surveillance pour lesquelles des échantillons sont activement prélevés disposent de données sur la détection bactérienne.
  • Veuillez noter le changement d’échelle de l’axe des y lorsque différentes séries de données sont sélectionnées.
  • Les proportions doivent être interprétées avec prudence lorsque le nombre d’échantillons est restreint (quand le texte est en rouge dans la zone survolée).
  • Les isolats de Salmonella sont des Salmonella non typhiques (y compris S. Paratyphi B var. Java)

Tableau 2. PICRA-RAC : Fréquence de détection de Campylobacter, Escherichia coli et de Salmonella non typhiques par au Canada (Isolats détectés / Échantillons testés).

L'astérisque (*) met en évidence un petit nombre d’échantillons testés (moins de 20).

Figure 2 : Texte descriptif
Critères d’interprétation télécharger les données

Les détails sur les critères d’interprétation de la sensibilité aux antimicrobiens utilisés par le PICRA sont disponibles pour :

Tableau 1. Valeurs seuils de sensibilité aux antimicrobiens pour Salmonella et Escherichia coli.

Catégorie antimicrobienne1 Antimicrobien Classe d’antimicrobiens Années testées2 Intervalle testé3 (μg/mL) Valeurs seuils4 (μg/mL)
S5 I6 R7
Ⅰ Amoxicilline-acide clavulanique Bêta-lactamines 2001 à aujourd’hui 1,0/0,5–32/16 ≤ 8/4 16/8 ≥ 32/16
Ceftriaxone Bêta-lactamines 2001 à aujourd’hui 0,25–64 ≤ 1 2 ≥ 4
Ceftiofur Bêta-lactamines 2001 à 2015 0,12-8 ≤ 2 4 ≥ 8
Ciprofloxacine Quinolones 2001 à aujourd’hui 0,015–4 ≤ 0,06 0,12–0,5 ≥ 1
Colistine Polymyxines 2020 à aujourd’hui 0,25–8 S.O.8 S.O. S.O. mcr9
Méropénème Bêta-lactamines 2016 à aujourd’hui 0,06–4 ≤ 1 2 ≥ 4
Ⅱ Amikacine Aminoglycosides 2001 à 2010 0,5-64 ≤ 4 8 ≥ 16
Ampicilline Bêta-lactamines 2001 à aujourd’hui 1–32 ≤ 8 16 ≥ 32
Azithromycine10 Macrolides 2011 à aujourd’hui 0,25–64 ≤ 16 S.O. ≥ 32
Cefoxitine Bêta-lactamines 2001 à aujourd’hui 1–32 ≤ 8 16 ≥ 32
Céfalotine11 Bêta-lactamines 2001 à 2004 2-32 ≤ 8 16 ≥ 32
Gentamicine Aminoglycosides 2001 à aujourd’hui 0,25–16 ≤ 2 4 ≥ 8
Kanamycine Aminoglycosides 2001 à 2013 8-64 ≤ 16 32 ≥ 64
Acide nalidixique Quinolones 2001 à aujourd’hui 0,5–32 ≤ 16 S.O. ≥ 32
Streptomycine12 Aminoglycosides 2014 à 2019 2-64 ≤ 16 S.O. ≥ 32
Triméthoprime/Sulfaméthoxazole Inhibiteurs de la synthèse des folates 2001 à aujourd’ 0,12/2,38–4/76 ≤ 2/38 S.O. ≥ 4/76
Ⅲ Chloramphénicol Phénicols 2001 à aujourd’hui 2-32 ≤ 8 16 ≥ 32
Sulfaméthoxazole13 Inhibiteurs de la synthèse des folates 2001 à 2004 16–512 ≤ 256 S.O. ≥ 512
Sulfisoxazole Inhibiteurs de la synthèse des folates 2004 à aujourd’hui 16–256 ≤ 256 S.O. ≥ 512
Tétracycline Tétracyclines 2001 à aujourd’hui 4–32 ≤ 4 8 ≥ 16
Notes de bas de page
  • 1 Les chiffres romains de I à IV correspondent aux catégories d’antimicrobiens selon leur importance en médecine humaine, telles que définies par la Direction des médicaments vétérinaires de Santé Canada. Catégorisation des antimicrobiens importants pour la médecine humaine et antimicrobiens de la Liste A de Santé Canada.
  • 2 Plaques de test pour déterminer la sensibilité du National Antimicrobial Resistance Monitoring System (NARMS) (Sensititre™) utilisées par l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) avec les intervalles annuels suivants : CMV6CNCD (2001), CMV7CNCD (2002-2004), CMV1AGNF (2005-2010), CMV2AGNF (2011-2013), CMV3AGNF (2014-2015), CMV4AGNF (2016-2019) et CMV5AGNF (2020 – aujourd’hui). Les isolats testés à l’extérieur de l’ASPC peuvent avoir des intervalles d’années différents pour les plaques de test pour déterminer la sensibilité et les antimicrobiens testés.
  • 3 L’intervalle testé correspond à la plaque la plus récente utilisée pour tester l’antimicrobien.
  • 4 Les valeurs seuils proviennent du document M100-33 du Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI), sauf indication contraire.
  • 5 S = sensible.
  • 6 I = sensibilité intermédiaire.
  • 7 R = résistant.
  • 8 S.O. = sans objet.
  • 9 La résistance à la colistine a été définie comme la détection d’un gène mcr à partir des données de séquençage du génome entier (à l’exception du mcr-9).
  • 10 Aucune valeur seuil du CLSI pour les Entérobactéries n’était disponible pour cet antimicrobien. Les valeurs seuils de sensibilité étaient basés sur celles utilisées par le NARMS.
  • 11 Les résultats de la résistance aux antimicrobiens (RAM) pour la céfalotine ne sont pas présentés dans les visualisations du PICRA, car la céfalotine n’a été testée que pendant les quatre premières années du programme.
  • 12 Les résultats de la RAM pour la streptomycine ne sont pas présentés avant 2014, car l’intervalle des concentrations testées n’était pas compatible avec les valeurs seuils actuelles de sensibilité aux antimicrobiens.
  • 13 Étant donné que le sulfaméthoxazole est similaire au sulfisoxazole, avec le même intervalle de concentrations testées et les mêmes valeurs seuils, les résultats de la RAM sont combinés et rapportés sous le nom sulfisoxazole.

Tableau 2. Valeurs seuils de sensibilité aux antimicrobiens pour Campylobacter.

Catégorie antimicrobienne1 Antimicrobien Classe d’antimicrobiens Années testées2 Intervalle testé3 (μg/mL) Valeurs seuils4 (μg/mL)
S5 I6 R7
Ⅰ Ciprofloxacine Quinolones 2003 à aujourd’hui 0,015–64 ≤ 1 2 ≥ 4
Méropénème8 Bêta-lactamines 2020 à aujourd’hui 0,004–16 ≤ 1 2 ≥ 4
Télithromycine Kétolides 2006 à 2019 0,015-8 ≤ 4 S.O.9 ≥ 8
Ⅱ Azithromycine8 Macrolides 2003 à aujourd’hui 0,015–64 ≤ 2 4 ≥ 8
Clindamycine8 Lincosamides 2003 à aujourd’hui 0,03–16 ≤ 2 4 ≥ 8
Érythromycine Macrolides 2003 à aujourd’hui 0,03–64 ≤ 8 16 ≥ 32
Gentamicine8 Aminoglycosides 2003 à aujourd’hui 0,12–32 ≤ 2 4 ≥ 8
Acide nalidixique8 Quinolones 2003 à aujourd’hui 4–64 ≤ 16 32 ≥ 64
Ⅲ Chloramphénicol10 Phénicols 2003 à 2005 0,016-256 ≤ 16 S.O. ≥ 32
Florfénicol8 Phénicols 2006 à aujourd’hui 0,12–64 ≤ 4 S.O. ≥ 8
Tétracycline Tétracyclines 2003 à aujourd’hui 0,12–64 ≤ 4 8 ≥ 16
Notes de bas de page
  • 1 Les chiffres romains de I à IV correspondent aux catégories d’antimicrobiens selon leur importance en médecine humaine, telles que définies par la Direction des médicaments vétérinaires de Santé Canada. Catégorisation des antimicrobiens importants pour la médecine humaine et antimicrobiens de la Liste A de Santé Canada.
  • 2 Méthodologie de test de sensibilité aux antimicrobiens utilisée par l’ASPC avec les intervalles d’années suivants : ETest® (2003–2005), et plaques de test pour déterminer la sensibilité NARMS (Sensititre™) CAMPY (2006–2019) et CMVCAMPY (2020 à aujourd’hui). Les isolats testés à l’extérieur de l’ASPC peuvent avoir des intervalles d’années différents pour les plaques de test pour déterminer la sensibilité et les antimicrobiens testés.
  • 3 L’intervalle testé correspond à la plaque la plus récente utilisée pour tester l’antimicrobien.
  • 4 Les valeurs seuils proviennent du CLSI M45-3, sauf indication contraire.
  • 5 S = sensible.
  • 6 I = sensibilité intermédiaire.
  • 7 R = résistant.
  • 8 Aucune valeur seuil du CLSI n’est disponible. Les valeurs seuils de sensibilité étaient basés sur celles utilisées par le NARMS.
  • 9 S.O. = sans objet.
  • 10 Les résultats de la résistance aux antimicrobiens pour le chloramphénicol ne sont pas présentés dans les visualisations du PICRA, car ce médicament n’a été testé que pendant les trois premières années du programme.

Prédiction de la résistance aux antimicrobiens à partir des données de séquençage du génome entier

La prédiction de la résistance aux antimicrobiens (RAM) à partir des données de séquençage du génome entier (SGE) est effectuée à l’aide du programme Staramr de l’ASPC1 (disponible à https://github.com/phac-nml/staramr). Staramr intègre les bases de données du Centre for Genomic Epidemiology pour ResFinder (gènes de résistance), PointFinder (mutations de résistance), PlasmidFinder, PubMLST, ainsi que la clé gène-médicament (gene-drug key) développée par les Centers for Disease Control des États-Unis (US CDC) pour la prédiction des profils de RAM. Il vérifie également les indicateurs de qualité de l’assemblage du génome.

  • Des tests de validation effectués par le Laboratoire national de microbiologie de l’ASPC ont démontré que la prédiction de la RAM à partir des données de SGE pour Salmonella est précise et fiable1. Le programme Staramr a été validé pour la prédiction de la résistance aux antimicrobiens figurant sur les panneaux de sensibilité CMV4AGNF et CMV5AGNF du National Antimicrobial Resistance Monitoring System (NARMS) (15 antimicrobiens).

Le programme Staramr est mis à jour régulièrement. Les versions 0.7.0 ou 0.7.1, basées sur la même clé gène/mutation-médicament, ont été utilisées pour les données de SGE de 2017 à 2021. Les versions 0.8.0 ou 0.9.1, également basées sur la même clé, ont été utilisées pour les données de 2022 à 2024.

Une comparaison des deux clés de gène/mutation-médicament a été effectuée afin d’identifier les différences pertinentes, et les interprétations ont été mises à jour, lorsque possible, pour s’aligner sur la version actuelle de Staramr (0.9.1). Lorsque de nouveaux gènes ou mutations sont ajoutés dans les nouvelles versions de la clé, les interprétations ne peuvent pas être appliquées rétroactivement, car ces éléments n’étaient pas recherchés dans les versions précédentes. Pour les gènes d’intérêt particulier (ESBL, mcr, carbapénémases), si des séquences sont identifiées sans correspondance parfaite avec celles de la base de données, un alignement est effectué pour déterminer s’il s’agit d’un nouveau variant ou d’une nouvelle mutation de résistance, ce qui permet de minimiser les cas de gènes ou mutations récemment identifiés qui seraient manqués.

Note de bas de page

Informations supplémentaires

Veuillez communiquer avec le PICRA si vous avez des questions au sujet de nos données ou si vous avez besoin de données supplémentaires. Pour plus d’informations, veuillez consulter le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), les Rapports sur les ventes de médicaments vétérinaires antimicrobiens (RVMVA), le Réseau aliments Canada (RAC) de l’ASPC et les visualisations interactives du RAC.

Remerciements

L’ASPC remercie sincèrement tous les collaborateurs du PICRA pour leurs efforts soutenus qui contribuent au succès continu de ce programme.

Citation suggérée

Agence de la santé publique du Canada. (YYYY (last updated)) PICRA : Résistance aux antimicrobiens. Gouvernement du Canada. Disponible au : https://sante-infobase.canada.ca/picra/resistance-aux-antimicrobiens.html. Consulté le MM/DD/YYYY.

Date de modification: