Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) : Faits saillants et résultats intégrés

Année 2024 2023

Résistance à la ceftriaxone chez des Salmonella non typhiques, des S. Heidelberg et des E. coli provenant de poulets et/ou d'humains, et utilisation/ventes de céphalosporines de troisième génération.

Importance :

Les céphalosporines de troisième génération sont considérées comme étant d’une très grande importance en médecine humaine^{Footnote 1} au Canada et dans le monde^{Footnote 2}. Bien que la salmonellose ne nécessite pas toujours un traitement chez les humains, lorsqu’un traitement est requis, les céphalosporines de troisième génération sont l’une des seules options disponibles pour les enfants et les femmes enceintes^{Footnote 3}. Heidelberg est un sérotype (c.-à-d. une souche de Salmonella) qui a tendance à rendre les gens très malades^{Footnote 3Footnote 4}.

Des données à l’action :

Historiquement, au Canada, S. Heidelberg était l’un des sérotypes de Salmonella résistants aux céphalosporines de troisième génération les plus fréquemment signalés et détectés chez les volailles et les humains^{Footnote 5}. Une céphalosporine de troisième génération (le ceftiofur), était utilisée chez les poulets pour prévenir l’omphalite à E. coli^{Footnote 5}.

À la suite du retrait volontaire du ceftiofur pour la prévention des maladies par l’industrie avicole en 2005, puis de nouveau en 2014, une réduction de la fréquence de la résistance à la ceftriaxone a été observée dans les isolats de Salmonellaprovenant de poulets de chair (poulets en santé à la ferme et à l’abattoir (c.-à-d. lors de l’abattage), de poulets malades (cas cliniques)) ainsi que dans la viande de poulet achetée en épicerie (Figure 1). De façon importante, une réduction de la résistance à la ceftriaxone des S. Heidelberg chez les humains a également été observée (Figure 1).

Chez les poulets, cette tendance a aussi été observée chez E. coli (Figure 1), ce qui renforce l’hypothèse d’une pression de sélection commune pour le déterminant de la résistance.

Depuis 2018, des S. Heidelberg résistants à la ceftriaxone n’ont pas été détectés chez les poulets de chair en santé à la ferme. De 2003 à 2019, S. Heidelberg figurait parmi les 3 principaux sérotypes chez les humains, représentant de 6 à 21 % des isolats humains de Salmonella. Toutefois, en 2023, S. Heidelberg représentait moins de 1 % des isolats humains et ne figurait plus parmi les 10 principaux sérotypes.

Mise à jour des données de 2024

Les conclusions de l’histoire demeurent inchangées. La détection de Salmonella Heidelberg continue de diminuer dans l’ensemble des espèces hôtes. La résistance à la ceftriaxone de S. Heidelberg demeure à de faibles niveaux chez les humains (4,8 % en 2024) et aucune résistance à la ceftriaxone n’a été observée chez des S. Heidelberg provenant de poulets de chair (tant chez les poulets en santé à la ferme qu’à l’abattoir), prélèvements cliniques diagnostiques provenant de poulets, ni dans le poulet vendu au détail. La fréquence de la résistance à la ceftriaxone est demeurée faible (< 6 %) dans les isolats d’E. coli provenant d’échantillons de poulets de chair (tant chez les poulets en santé à la ferme qu’à l’abattoir) et de viande de poulet vendue au détail.

Aucune utilisation du ceftiofur n’a été signalée dans les couvoirs approvisionnant les fermes de poulets de chair participant à la surveillance des fermes sentinelles du PICRA. En revanche, l’utilisation de la ceftriaxone chez les humains a continué d’augmenter, tant en milieu hospitalier (achats effectués par les hôpitaux) que dans les milieux communautaires (délivrances dans les pharmacies communautaires)^{Footnote i}

Figure 1. PICRA-RAC : Fréquence de la résistance à la ceftriaxone chez les isolats de Salmonella non typhiques et d’Escherichia coli provenant de poulets et/ou d’humains, et utilisation du ceftiofur dans les troupeaux de poulets de chair.

Passez le curseur sur le graphique linéaire ou à barres pour voir plus de détails. Cliquez sur un élément de la légende pour ajouter ou retirer les lignes correspondantes du graphique. Le texte en rouge dans l’info-bulle indique un faible nombre total d’isolats (moins de 20).

Augmentation de la fréquence des Salmonella non typhiques producteurs de BLSE chez les humains, les animaux et dans les aliments vendus au détail.

Importance :

Les Salmonella producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) sont résistants aux céphalosporines de troisième génération. Les Salmonella font partie de l’ordre des Enterobacterales. Les Enterobacterales producteurs de BLSE sont classés dans le « Niveau 1 : Groupe à priorité élevée » des agents pathogènes résistants aux antimicrobiens préoccupants au Canada^{Footnote 1} et un groupe critique selon la Liste des agents pathogènes bactériens prioritaires de l’Organisation mondiale de la santé, 2024^{Footnote 2}.

Ce que les données nous indiquent :

Les Salmonella non typhiques (SNT) producteurs de BLSE, provenant d’humains et de sources animales et/ou alimentaires, continuent d’augmenter de façon constante (Figure 1). Parmi tous les Salmonella testés, la fréquence des isolats producteurs de BLSE avant 2017 était de 0,5 % chez les humains (n = 27 isolats BLSE/5010 isolats SNT totaux) et de 0,1 % chez les animaux et dans les aliments vendus au détail (n = 2/2086). En 2023, ces fréquences sont passées à 1,6 % (n = 91/5843) chez les humains et à 1,7 % (n = 36/2113) chez les animaux et dans les aliments vendus au détail (Figure 1).

Chez les humains, parmi tous les Salmonella producteurs de BLSE détectés, le gène prédominant codant des BLSE (bla_CTX-M-65) a diminué de 66 % en 2019 à 42 % en 2023, et la majorité des Salmonella qui étaient porteurs étaient des S. Infantis (n = 33). En revanche, le deuxième gène de BLSE le plus prédominant, bla_CTX-M-55, est passé de 13% en 2019 à 37 % en 2023. La majorité des isolats porteurs du gène bla_CTX-M-55 étaient des Salmonella I 4,[5],12:i:- (n = 22).

Chez les animaux et dans les aliments vendus au détail, parmi tous les isolats porteurs de BLSE, le gène prédominant codant des BLSE était le bla_CTX-M-65, dont la proportion est passée de 24 % en 2018 à 59 % en 2022, puis à 80 % en 2023. En 2023, la majorité de ces isolats porteurs du gène bla_CTX-M-65 étaient des S. Infantis (n = 21).

Mise à jour des données de 2024

Les isolats de SNT producteurs de BLSE détectés chez les humains et chez les animaux/dans les aliments ont continué d’augmenter, avec une hausse marquée chez les animaux/dans les aliments entre 2023 et 2024. Parmi tous les SNT testés en 2024, la fréquence des SNT producteurs de BLSE était de 1,9 % chez les humains et de 2,9 % chez les animaux/dans les aliments.

Le gène CTXM65 a augmenté tant dans les sources animales que dans les sources alimentaires que chez les humains. Salmonella Infantis était le sérotype le plus fréquemment associé à ce gène et ainsi, 95 % et 92 % des isolats porteurs de CTXM65 provenaient respectivement des humains et des animaux/des aliments entre 2017 et 2024.

Chez les humains, la fréquence du gène CTXM55 a augmenté depuis 2017, tandis que chez les animaux et/ou dans les aliments, la fréquence de ce gène variait entre 0,1 % et 0,5 % selon les années. Le sérotype de Salmonella I 4,[5],12:i:- était le plus fréquemment associé à ce gène, représentant 60 % et 37 % des isolats porteurs de CTXM55 provenant respectivement des humains et des animaux et/ou aliments entre 2017 et 2024.

Figure 1. PICRA-RAC : Fréquence des Salmonella non typhiques producteurs des BLSE chez les humains, les animaux et dans les aliments vendus au détail.

Passez le curseur sur le graphique linéaire ou à barres pour voir plus de détails. Cliquez sur un élément de la légende pour ajouter ou retirer les lignes correspondantes du graphique. Le texte en rouge dans l’info-bulle indique un faible nombre total d’isolats (moins de 20).

Résistance à l’acide nalidixique chez des Salmonella Enteritidis provenant de poulet(s)

Importance :

Historiquement, les isolats de Salmonella Enteritidis provenant de poulets et de viande de poulet étaient presque 100 % sensibles à tous les antimicrobiens testés par le PICRA. Toutefois, en 2018, le PICRA a signalé l’émergence de S. Enteritidis résistants à l’acide nalidixique chez les poulets. L’acide nalidixique est une quinolone et de la résistance aux quinolones peut souvent précéder de la résistance aux fluoroquinolones. Ces isolats résistants à l’acide nalidixique présentaient également une sensibilité réduite aux fluoroquinolones. Les fluoroquinolones sont considérées comme d’une très grande importance en médecine humaine^{Footnote 1} au Canada et dans le monde^{Footnote 2}.

Salmonella Enteritidis est l’un des principaux sérotypes que l’on trouve chez les personnes atteintes de salmonellose et l’un des principaux sérotypes que l’on observe chez les poulets.

Ce que les données nous indiquent :

En 2018, de la résistance à l’acide nalidixique chez S. Enteritidis a été détectée pour la première fois dans les isolats du PICRA (n = 5 isolats), provenant de poulets en santé à l’abattoir, de poulets malades (cas cliniques) et de viande de poulet (Figure 1). Ces proportions sont demeurées relativement stables jusqu’en 2022, année où le PICRA a observé une hausse marquée de la résistance chez les isolats de poulets provenant de la ferme, de l’abattoir, de la vente au détail et des laboratoires de diagnostic (Figure 1). En 2023, de la résistance à l’acide nalidixique a été détectée dans les composantes/sources suivantes : viande de poulet (n = 21 isolats résistants/70 isolats totaux de S. Enteritidis), échantillons diagnostiques de poulets malades (n = 31/78), poulets en santé à l’abattoir (n = 6/31) et poulets de chair en santé à la ferme (n = 10/29) (Figure 1).

Cette hausse de la résistance semble être liée à une substitution GyrA (D87Y). Des analyses génomiques supplémentaires sont en cours, notamment l’analyse des gènes présents chez les isolats humains de S. Enteritidis.

Mise à jour des données de 2024

La résistance à l’acide nalidixique de Salmonella Enteritidis continue d’augmenter dans les isolats provenant de poulets en santé à l’abattoir ainsi que dans la viande de poulet vendue au détail. D’importantes hausses de la résistance à l’acide nalidixique ont également été observées dans les isolats humains de S. Enteritidis, la fréquence atteignant près de 60 % en 2024.

Depuis 2018, tous les isolats de S. Enteritidis résistants à l’acide nalidixique provenant des poulets de chair (à la ferme, à l’abattoir et des cas cliniques) ainsi que de la viande de poulet vendue au détail appartenaient à la séquence type 11 et présentaient une mutation (D87Y) dans le gène gyrA. Cette mutation du gène codant pour la gyrase A entraîne un changement d’acide aminé (D87Y) dans la protéine gyrase A, qui est la cible des fluoroquinolones.

Chez les humains, la proportion d’isolats de S. Enteritidis présentant cette mutation dans le gène gyrA (D87Y) a également fortement augmenté, et 99,4 % de ces isolats étaient eux aussi à la séquence type 11.

Complexifiant davantage la situation, cette mutation est également observée parmi des Salmonella Infantis chez les humains, passant de 11 % d’isolats Infantis en 2017 à 42 % en 2024.

Figure 1. PICRA-RAC – Fréquence de la résistance à l’acide nalidixique chez Salmonella Enteritidis provenant de poulet(s)

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Résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter et fluoroquinolones vendues pour usage chez les animaux et les humains.

Importance :

Le PICRA surveille une tendance à la hausse de la résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter provenant de plusieurs espèces animales et à différentes étapes de la chaîne alimentaire. La ciprofloxacine est une fluoroquinolone. Les fluoroquinolones sont considérées comme étant d’une très grande importance en médecine humaine^{Footnote 1} au Canada et dans le monde^{Footnote 2}.

Ce que les données nous indiquent :

Entre 2022 et 2023, une augmentation de la résistance à la ciprofloxacine a été observée chez les Campylobacter provenant de toutes les espèces animales terrestres sous surveillance à l’échelle de la ferme (poulets de chair, poules pondeuses^{Footnote i}, dindons, porcs, bovins laitiers et bovins en parc d’engraissement). Parmi les espèces animales d’élevage (à l’échelle de la ferme), l’ampleur de l’augmentation (différence en pourcentage) durant cette période variait entre 2 % et 20 %, avec des fréquences élevées de résistance à la ciprofloxacine en 2023 allant de 19 % à 46 %. Des analyses génomiques supplémentaires sont en cours pour mieux comprendre cette tendance chez plusieurs espèces hôtes.

Les données humaines sur Campylobacter proviennent de cas cliniques déclarés dans le cadre du Réseau aliments Canada. Dans l’ensemble, la résistance à la ciprofloxacine des Campylobacter d’origine humaine demeure stable, d’après les données disponibles jusqu’en 2022. Chez C. jejuni, les niveaux de résistance étaient élevés en 2018 et 2022 (respectivement 32 % et 30 %), bien qu'une tendance à la baisse ait été observée entre 2019 (45 %) et 2022 (30 %). Chez C. coli^{Footnote ii}, la résistance à la ciprofloxacine était de 70 % en 2018 et de 60 % en 2022, mais une tendance à la hausse a été observée entre 2020 (33 %) et 2022 (60 %).

En 2023, plus de fluoroquinolones ont été vendues (ou destinées à être utilisées) chez les humains^{Footnote iii} que les animaux (intervalle pour les humains de 4,16 à 5,60 mg/kg de biomasse comparativement à l’intervalle pour les animaux de 0,04 à 0,11 mg/kg de biomasse). Entre 2019 et 2023, la quantité de fluoroquinolones destinée à un usage chez les humains a diminué de 26 % (de 5,60 à 4,16 mg/kg de biomasse). Tandis que chez les animaux, la quantité de fluoroquinolones vendue par les fabricants et les importateurs, bien que faible comparativement aux autres classes d’antimicrobiens, a augmenté de 38 % (de 0,08 à 0,11 mg/kg de biomasse^{Footnote iv}).

Mise à jour des données de 2024

La résistance aux fluoroquinolones chez Campylobacter a continué d’augmenter en 2024 chez les bovins en parc d’engraissement, les bovins de l’abattoir et dans la viande de bœuf vendue au détail. L’augmentation observée chez les bovins en parc d’engraissement entre 2023 et 2024 était importante et marquée, la fréquence de la résistance atteignant près de 60 % en 2024.

La situation semble toutefois évoluer pour d’autres espèces à différentes étapes de la chaîne alimentaire, où la résistance aux fluoroquinolones chez Campylobacter devient plus variable, voire en diminution, chez les poulets de chair à la ferme^{Footnote v} et dans la viande de dindon vendue au détail. Chez les humains, la tendance a été variable, avec des fréquences de résistance élevées variant entre 25 % et 44 % selon les années, et de la résistance de 35 % en 2024.

En 2024, une plus grande quantité de fluoroquinolones a été vendue (ou destinée à être utilisée) chez les humains^{Footnote iii} que chez les animaux^{Footnote 3} (humains : 3,97 mg/kg de biomasse ajustée selon la population ; animaux : 0,16 mg/kg de biomasse). Entre 2020 et 2024, la quantité de fluoroquinolones destinée à être utilisée chez les humains a diminué de 14 % (4,63 à 3,97 mg/biomasse ajustée selon la population).

Chez les animaux, la quantité de fluoroquinolones vendue par les fabricants et importateurs, bien que faible par rapport à d’autres classes d’antimicrobiens, a augmenté de 220 % (0,05 à 0,16 mg/kg de biomasse)^{Footnote iv}.

Figure 1. PICRA-RAC : Fréquence de la résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter provenant des humains, des animaux et des aliments vendus au détail

Passez le curseur sur le graphique linéaire ou à barres pour voir plus de détails. Cliquez sur un élément de la légende pour ajouter ou retirer les lignes correspondantes du graphique. Le texte en rouge dans l’info-bulle indique un faible nombre total d’isolats (moins de 20).