Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) : Faits saillants et résultats intégré

Entre 2019 et 2023, nous avons observé une stabilisation de la quantité d’antimicrobiens médicalement importants vendus pour être utilisés chez les animaux. Parallèlement, la quantité médiane d'antimicrobiens vendus pour être utilisés chez les animaux d'élevage continue de diminuer chaque année dans 31 pays du réseau européen. En conséquence, notre classement en matière de ventes d'antimicrobiens se détériore par rapport à l'Europe. À partir de notre surveillance de fermes sentinelles participant sur une base volontaire, entre 2019 et 2023, nous avons observé une diminution de l’UAM dans les fermes de poulets de chair, de dindons, de porcs en croissance-finition et dans les parcs d’engraissement de bovins. Dans les fermes laitières sentinelles, l’UAM a augmenté entre 2019 et 2022, ce qui pourrait être partiellement attribuable à une amélioration de la déclaration en 2021 et 2022. Les données de Pêches et Océans Canada ont montré une diminution de l’UAM dans les exploitations aquacoles entre 2019 et 2022, avec une hausse entre 2021 et 2022. Moins de 2 % de l’UAM rapportée (doses définies journalières par 1 000 animaux-jours à risque) par les fermes sentinelles terrestres concernait des antimicrobiens de catégorie I (considérés très importants en médecine humaine).

Parallèlement, nous observons une augmentation de certaines résistances préoccupantes. Il y a une hausse des Salmonella non typhiques produisant des bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) chez les humains, les animaux et dans les aliments vendus au détail. Le pourcentage de résistance à la ciprofloxacine chez les Campylobacter provenant d’animaux et d’aliments vendus au détail augmente, tout comme la quantité de fluoroquinolones vendues pour usage chez les animaux. Chez les humains, la tendance de la résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter était variable, mais le pourcentage global était élevé (≥ 30 %) ou très élevé (≥ 60 %) selon l’espèce de Campylobacter et l’année. En même temps, la quantité de fluoroquinolones utilisées chez les humains a diminué. Concernant la résistance transmissible à la colistine (mcr), en 2023, nous avons détecté des gènes mcr chez un isolat humain de Salmonella et un isolat d’Aeromonas provenant de crevettes importées. La résistance à l’acide nalidixique chez les Salmonella Enteritidis provenant de la volaille continue d’augmenter, tout comme la résistance à la gentamicine chez Campylobacter provenant de bovins en parc d’engraissement. La quantité de céphalosporines de troisième génération vendue pour usage chez les animaux a augmenté, mais la résistance à la ceftriaxone chez les E. coli et les Salmonella non typhiques provenant d’animaux et d’aliments vendus au détail est demeurée stable. Chez les bovins en parc d’engraissement, la fréquence de la résistance aux streptogramines chez Enterococcus a augmenté, en parallèle avec une hausse de l’utilisation déclarée de streptogramines dans les aliments pour animaux.

Alors que le PICRA continue de travailler en faveur d'une approche Une seule santé, nous avons de nouvelles données sur la RAM chez certaines bactéries provenant de l’eau, de l’environnement des fermes d’élevage, des ingrédients d’aliments pour animaux et des aliments composés destinés aux animaux, ainsi que de nouveaux produits vendus au détail. De la résistance aux antimicrobiens de catégorie I a été observée dans des isolats provenant de l’eau de surface et de l’environnement d’animaux malades. Des isolats de Salmonella non typhiques résistants, appartenant à des sérotypes pouvant causer des maladies chez les Canadiens, ont été détectés dans des ingrédients d’aliments et des aliments composés pour animaux. Le PICRA collabore également avec AMRNet-Vet pour examiner la RAM chez les agents pathogènes animaux à partir d’échantillons envoyés aux laboratoires de diagnostic vétérinaire, en commençant par les agents pathogènes responsables de la maladie respiratoire bovine. Cela complète notre surveillance des bovins en santé dans les parcs d’engraissement pour les mêmes agents pathogènes des voies respiratoires. Au cours des cinq dernières années, nous avons constaté de la résistance moindre à l’arrivée des bovins dans les parcs d’engraissement, mais une augmentation de la résistance au moment de la manipulation ultérieure des animaux (incluant de la multirésistance aux médicaments).

Parmi les autres avancées en matière de surveillance, notons les données de ventes d’antimicrobiens par province/région selon un dénominateur de biomasse, ainsi que l’inclusion de données sur la distribution d’antimicrobiens par les pharmacies communautaires pour usage chez les animaux de compagnie, incluant de petites quantités de carbapénèmes.

Résistance à la ceftriaxone chez des Salmonella non typhiques, des S. Heidelberg, S. Kentucky et des E. coli provenant de poulets et/ou d'humains, et utilisation du ceftiofur dans les troupeaux de poulets de chair.

Importance : Les céphalosporines de troisième génération sont considérées comme d’une très grande importance en médecine humaine¹ au Canada et dans le monde². Bien que la salmonellose ne nécessite pas toujours un traitement chez les humains, lorsqu’un traitement est requis, les céphalosporines de troisième génération sont l’une des seules options disponibles pour les enfants et les femmes enceintes³. Salmonella Heidelberg est un sérotype (c.-à-d. une souche de Salmonella) qui tend à provoquer des maladies graves chez les humains^3,4.

Données à l’action : Historiquement, au Canada, S. Heidelberg était l’un des sérotypes de Salmonella résistants aux céphalosporines de troisième génération les plus fréquemment détectés chez les volailles et les humains⁵. Le ceftiofur, une céphalosporine de troisième génération, était utilisé chez les poulets pour prévenir l’omphalite à E. coli⁵.

À la suite d’un retrait volontaire du ceftiofur pour la prévention des maladies par l’industrie avicole en 2005, puis de nouveau en 2014, une réduction de la fréquence de la résistance à la ceftriaxone a été observée chez les isolats de Salmonella provenant de poulets de chair (poulets en santé à la ferme et à l’abattoir, et de poulets malades (cas cliniques)) ainsi que dans la viande de poulet achetée en épicerie (Figure 1). De façon importante, une réduction de la résistance à la ceftriaxone chez S. Heidelberg chez les humains a également été observée (Figure 1).

Chez les poulets, cette tendance a aussi été observée chez E. coli (Figure 1), ce qui renforce l’hypothèse d’une pression de sélection commune pour le déterminant de la résistance. Au fil du temps, une augmentation de la résistance à la ceftriaxone chez S. Kentucky a également été observée (Figure 1), un sérotype que l’on retrouve chez les poulets, mais rarement chez les humains au Canada.

Depuis 2018, des S. Heidelberg résistants à la ceftriaxone n’ont pas été détectés chez les poulets de chair en santé à la ferme. De 2003 à 2019, S. Heidelberg figurait parmi les trois principaux sérotypes chez les humains, représentant de 6 à 21 % des isolats humains de Salmonella. Toutefois, en 2023, S. Heidelberg représentait moins de 1 % des isolats humains et ne figurait plus parmi les 10 principaux sérotypes.

Figure 1. PICRA-RAC : Fréquence de la résistance à la ceftriaxone chez les isolats de Salmonella non typhiques et d’Escherichia coli provenant de poulets et/ou d’humains, et utilisation du ceftiofur dans les troupeaux de poulets de chair.

Passez le curseur sur le graphique linéaire ou à barres pour voir plus de détails. Cliquez sur un élément de la légende pour ajouter ou retirer les lignes correspondantes du graphique. Le texte en rouge dans l’info-bulle indique un faible nombre total d’isolats (moins de 20).

Augmentation de la fréquence des Salmonella non typhiques producteurs de BLSE chez les humains, les animaux et dans les aliments vendus au détail.

Importance : Les Salmonella producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) sont résistants aux céphalosporines de troisième génération. Les Salmonella font partie de l’ordre des Enterobacterales. Les Enterobacterales producteurs de BLSE sont classées dans le « Niveau 1 : Groupe à priorité élevée » des agents pathogènes résistants aux antimicrobiens préoccupants au Canada¹ et un groupe critique selon la Liste des agents pathogènes bactériens prioritaires de l’Organisation mondiale de la santé, 2024².

Ce que les données nous indiquent : Les Salmonella non typhiques (NTS) producteurs de BLSE, provenant d’humains et de sources animales/alimentaires, continuent d’augmenter de façon constante (Figure 1). Parmi toutes les Salmonella testés, la fréquence des isolats produisant des BLSE avant 2017 était de 0,5 % chez les humains (n = 27 isolats BLSE / 5010 isolats NTS totaux) et de 0,1 % chez les animaux et dans les aliments vendus au détail (n = 2 / 2086). En 2023, ces fréquences sont passées à 1,6 % (n = 91 / 5843) chez les humains et à 1,7 % (n = 36 / 2113) chez les animaux et dans les aliments vendus au détail (Figure 1).

Chez les humains, parmi tous les Salmonella producteurs de BLSE détectés, le gène prédominant (bla_CTX-M-65) a diminué à 42 % en 2023 (comparativement à 66 % en 2019), et la majorité des Salmonella qui étaient porteurs étaient des S. Infantis (n = 33). En revanche, le deuxième gène de BLSE le plus prédominant, bla_CTX-M-55, est passé de 13% en 2019 à 37 % en 2023. La majorité des isolats porteurs du gène bla_CTX-M-55 étaient des Salmonella I 4,[5],12:i:- (n = 22).

Chez les animaux et dans les aliments vendus au détail, parmi tous les isolats porteurs de BLSE, le gène BLSE prédominant était le bla_CTX-M-65, dont la proportion est passée de 24 % en 2018 à 59 % en 2022, puis à 80 % en 2023. En 2023, la majorité de ces isolats porteurs du gène bla_CTX-M-65 étaient des S. Infantis (n = 21).

Figure 1. PICRA-RAC : Fréquence des Salmonella non typhiques producteurs des BLSE chez les humains, les animaux et dans les aliments vendus au détail.

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Résistance à l’acide nalidixique chez des Salmonella Enteritidis provenant de poulet(s)

Importance : Historiquement, les isolats de Salmonella Enteritidis provenant de poulets et de viande de poulet étaient presque 100 % sensibles à tous les antimicrobiens testés par le PICRA. Toutefois, en 2018, le PICRA a signalé l’émergence de S. Enteritidis résistants à l’acide nalidixique chez les poulets. L’acide nalidixique est une quinolone et de la résistance aux quinolones peut souvent précéder de la résistance aux fluoroquinolones. Ces isolats résistants à l’acide nalidixique présentaient également une sensibilité réduite aux fluoroquinolones. Les fluoroquinolones sont considérées comme d’une très grande importance en médecine humaine¹ au Canada et dans le monde².

Salmonella Enteritidis est l’un des principaux sérotypes que l’on trouve chez les personnes atteintes de salmonellose et l’un des principaux sérotypes que l’on observe chez les poulets.

Ce que les données nous indiquent : En 2018, de la résistance à l’acide nalidixique chez S. Enteritidis a été détectée pour la première fois dans les isolats du PICRA (n = 5 isolats), provenant de poulets en santé à l’abattoir, de poulets malades (cas cliniques) et de viande de poulet (Figure 1). Ces proportions sont demeurées relativement stables jusqu’en 2022, année où le PICRA a observé une hausse marquée de la résistance chez les isolats de poulets provenant de la ferme, de l’abattoir, de la vente au détail et des laboratoires de diagnostic (Figure 1). En 2023, de la résistance à l’acide nalidixique a été détectée dans les composantes/sources suivantes : viande de poulet (n = 21 isolats résistants / 70 isolats totaux de S. Enteritidis), échantillons diagnostiques de poulets malades (n = 31 / 78), poulets en santé à l’abattoir (n = 6 / 31) et poulets de chair en santé à la ferme (n = 10 / 29) (Figure 1).

Cette hausse de la résistance semble être liée à une substitution GyrA (D87Y). Des analyses génomiques supplémentaires sont en cours, notamment l’analyse des gènes présents chez les isolats humains de S. Enteritidis.

Figure 1 : PICRA-RAC – Fréquence de la résistance à l’acide nalidixique chez Salmonella Enteritidis provenant de poulet(s)

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Résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter et fluoroquinolones vendues pour usage chez les animaux et les humains.

Importance : Le PICRA surveille une tendance à la hausse de la résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter provenant de plusieurs espèces animales et à différentes étapes de la chaîne alimentaire. La ciprofloxacine est une fluoroquinolone. Les fluoroquinolones sont considérées comme étant d’une très grande importance en médecine humaine¹ au Canada et dans le monde².

Ce que les données nous indiquent : Entre 2022 et 2023, une augmentation de la résistance à la ciprofloxacine a été observée chez les Campylobacter provenant de toutes les espèces animales terrestres sous surveillance au niveau de la ferme (poulets de chair, poules pondeusesⁱ, dindons, porcs, bovins laitiers et bovins en parc d’engraissement). Parmi les espèces animales d’élevage (niveau ferme), l’ampleur de l’augmentation (différence en pourcentage) durant cette période variait entre 2 % et 20 %, avec des fréquences élevées de résistance à la ciprofloxacine en 2023 allant de 19 % à 46 %. Des analyses génomiques supplémentaires sont en cours pour mieux comprendre cette tendance chez plusieurs espèces hôtes.

Dans l’ensemble, la résistance à la ciprofloxacine chez les Campylobacter d’origine humaine demeure stable, d’après les données disponibles jusqu’en 2022. Chez C. jejuni, les niveaux de résistance étaient élevés en 2018 et 2022 (respectivement 32 % et 30 %), bien qu'une tendance à la baisse ait été observée entre 2019 (45 %) et 2022 (30 %). Chez C. coliⁱⁱ, la résistance à la ciprofloxacine était de 70 % en 2018 et de 60 % en 2022, mais une tendance à la hausse a été observée entre 2020 (33 %) et 2022 (60 %).

En 2023, plus de fluoroquinolones ont été vendues (ou destinées à être utilisées) chez les humainsⁱⁱⁱ que les animaux (intervalle pour les humains : 4,16 à 5,60 mg/kg de biomasse comparativement à l’intervalle pour les animaux : 0,04 à 0,11 mg/kg de biomasse). Entre 2019 et 2023, la quantité de fluoroquinolones destinée à un usage humain a diminué de 26 % (de 5,60 à 4,16 mg/kg de biomasse). Tandis que chez les animaux, la quantité de fluoroquinolones vendue par les fabricants et les importateurs, bien que faible comparativement aux autres classes d’antimicrobiens, a augmenté de 38 % (de 0,08 à 0,11 mg/kg de biomasse^iv).

Figure 1. PICRA-RAC : Fréquence de la résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter provenant des humains, des animaux et des aliments vendus au détail

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