Tableau de bord sur la vigie de la COVID-19 dans les eaux usées : Notes techniques

Ce tableau de bord fournit des données sur les niveaux de virus de la COVID-19 et les variants dans les eaux usées (eaux d’égout) de collectivités différents au Canada. Ces renseignements peuvent aider à évaluer les niveaux d’infection par la COVID-19 dans ces collectivités.

Cette page contient des renseignements sur la façon dont nous effectuons les analyses des eaux usées et les limites des données. Les notes comprennent également des définitions de certains termes scientifiques utilisés dans le présent tableau de bord.

Sur cette page

Méthodologie

Des scientifiques dans tout le pays fournissent des données sur la vigie des eaux usées par l’entremise de leurs réseaux provinciaux et territoriaux. Pour détecter le SRAS-CoV-2 au niveau communautaire ou institutionnel, des échantillons sont recueillis à un point de collecte central, comme une usine de traitement des eaux usées ou un poste de pompage. Cette méthode détecte seulement la présence de la COVID-19 dans la collectivité ou l’institution. Elle ne peut pas servir à identifier des cas ou des ménages individuels.

Les scientifiques continuent d’améliorer les méthodes de détection et de mesure de la COVID-19 dans les eaux usées. La communauté scientifique, y compris l’Agence de la santé publique du Canada, collabore pour élaborer une norme qui aidera tout le monde à comprendre, à comparer et à partager les données sur la COVID-19 dans les eaux usées. Les résultats présentés sur cette page ont été obtenus par tests PCR et séquençage génomique.

Les scientifiques utilisent le séquençage génomique pour déchiffrer les différents fragments génétiques du virus trouvés dans les échantillons d’eaux usées. Une fois la réaction de séquençage terminée, ils analysent les éléments séquencés à l’aide d’un logiciel spécial. Ces programmes fournissent des renseignements sur les variants et la quantité relative de chaque variant détecté dans un échantillon d’eaux usées.

Nous avons comparé les tendances des signaux des eaux usées lorsque les mêmes sites sont analysés par le Laboratoire national de microbiologie et les réseaux provinciaux et territoriaux. Nous avons constaté que les tendances sont généralement cohérentes dans tous les laboratoires. Les différences dans la force des signaux des eaux usées sont principalement attribuables aux différences dans les méthodes de traitement.

Nous présentons la charge virale de la COVID-19 dans les eaux usées comme une moyenne mobile sur 7 jours, car des niveaux élevés pour une seule journée ne montrent pas la tendance générale. Notre approche nous aide à comprendre les tendances globales tout en vous donnant de meilleurs renseignements pour prendre vos propres décisions en matière de santé. De façon générale, nous effectuons des analyses pour les sites 2 fois par semaine, à l’exception des sites d’Alberton et de Winnipeg où effectuons des analyses 1 et 5 fois par semaine, respectivement.

Nous surveillons la hausse et la baisse des signaux de la COVID-19 à l’aide d’une technique mise au point par le ministère de l’Environnement, de la Protection de la nature et des Parcs de l’Ontario dans le cadre de son initiative provinciale de vigie des eaux usées. Les données sur la vigie des eaux usées présentées sous forme de moyenne sur 7 jours sont divisées en segments au fil du temps. La variation quotidienne du signal viral est déterminée pour chaque segment. Les hausses et les baisses du signal des eaux usées sont jugées en fonction de leur uniformité au fil du temps.

Pour en savoir plus, veuillez consulter l’article portant sur la Quantitative Trend Analysis of SARS-CoV-2 RNA in Municipal Wastewater Exemplified with Sewershed-Specific COVID-19 Clinical Case Counts (analyse quantitative des tendances de l’ARN du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées municipales qui montre le nombre de cas cliniques de COVID-19 pour chaque bassin d’eaux usées) (en anglais seulement).

Pour présenter plus de contexte sur les signaux de la COVID-19, nous avons élaboré une mesure du niveau du signal afin de comparer les récents niveaux de la COVID-19 aux niveaux précédents. Pour chaque lieu d’échantillonnage, nous utilisons les charges virales de tous les échantillons prélevés depuis le 1er décembre 2021 pour :

Les valeurs au-dessous du 25e percentile sont considérées comme faibles, les valeurs au-dessus du 75e percentile sont considérées comme élevées et les autres valeurs sont considérées comme moyennes.

Il faut disposer d’au moins 10 échantillons pour calculer la tendance et le niveau. Concernant la mesure du niveau du signal, les sites portent la mention « Nouveau site » si :

Limites

Bien que la vigie des eaux usées offre de nombreux avantages, elle comporte certaines limites.

L’exactitude du signal des eaux usées peut être faussée par différents facteurs, dont la composition des eaux usées, qui varie selon la collectivité. Par exemple, les eaux souterraines ou de surface peuvent renforcer ou affaiblir le signal de la COVID-19 dans les eaux usées. Cela peut être un problème pendant la fonte des neiges saisonnière et les pluies abondantes.

Le signal des eaux usées peut également être influencé par :

Nous travaillons avec nos partenaires pour cerner d’autres problèmes liés à la vigie des eaux usées et pour élaborer des mesures visant à réduire les effets.

Compte tenu des limites ci-dessus, nous ne connaissons pas la quantité exacte du virus qui est excrétée à chaque vague. Pour cette raison, nous ne recommandons pas de comparer les données sur la vigie des eaux usées de différentes vagues de COVID-19 pour estimer le nombre de cas dans une collectivité.

Définitions

Pour en savoir plus sur la vigie des eaux usées, veuillez consulter la page Tirer parti de l’analyse des eaux usées pour la détection d’éclosions de COVID-19.

Changement aux données

Date Notes
2023-05-02 Nous avons retiré temporairement Saint John du tableau de bord en raison de problèmes éventuels qui concernent l’exactitude des données. Une fois que nous aurons étudié et résolu les problèmes, Saint John sera réintégré au tableau de bord.
2023-05-12 En janvier 2023, le Laboratoire national de microbiologie (LNM) a mis à jour son protocole pour inclure la quantification des échantillons de référence standard afin d’améliorer l’exactitude. Cette modification a une incidence sur les points de données entre le 6 juillet 2022 et le 3 février 2023. Les points de données ont été mis à jour rétroactivement afin qu’ils reflètent cette modification. Le protocole de quantification des eaux usées mis à jour par le LNM comprend une confirmation de la concentration des échantillons de référence standard au moyen de la PCR numérique.
2023-09-08 Saint John, Nouveau-Brunswick, a été réintégré dans le tableau de bord avec des données provenant du laboratoire universitaire Georges-L.-Dumont.
2023-12-15 Les données de surveillance pour Bathurst, Campbellton, Fredericton, Miramichi et Moncton ont été remplacées par des données provenant du Réseau de santé Vitalité au Nouveau-Brunswick. Les données historiques analysées par le Laboratoire national de microbiologie peuvent être téléchargées.
2023-12-15 Les données historiques pour Edmundston et Saint John ont été mises à jour avec une nouvelle méthode de quantification afin de mieux représenter le processus de laboratoire.
2024-02-23 Les mises à jour pour les sites suivants en Saskatchewan sont en attente en raison d'une pause dans l'envoi d'échantillons à l'ASPC :
  • Canora
  • Pasqua PN
  • Prince Albert
  • Watrous

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